首先，鸡粪有机肥施在地表降低了鸡粪有机肥的改土作用。大多数蔬菜根系主要分布在5~20厘米的土层内，地表生出的根系又叫气生根，吸收养分、水分的能力很弱，而且因为地表温、湿度等环境条件变化剧烈，根系易受伤、老化。
    其次，露在地表的鸡粪有机肥产生的有害气体直接进入空气，对叶片的影响很大。施用鸡粪有机肥后会产生气害，除了鸡粪有机肥未充分腐熟、施用量大和棚室通风条件不佳等原因外，鸡粪有机肥分布浅甚至露在地表也是很重要的原因。土壤具有很强的吸附性，埋入土壤中的鸡粪有机肥在腐熟过程中产生的氨气等有害气体会被土壤吸附转化，不能进入空气，也就不会出现氨气等气害。
    建议菜农在施用鸡粪有机肥时，最好将其深翻入土。具体做法：上茬蔬菜拔除后，尽早把鸡粪有机肥施入棚内，然后深翻土壤。若土壤坷垃较多，可用旋耕机耕1~2次。